הגמ' במנחות ס"ו. כותבת בשם אביי מצווה למנות ספירת העומר בימים ושבועות וכך נהגו רבנן דבי רב אשי, אמימר מנה ימים ולא שבועות כי זה זכר למקדש.
וביאר רש"י שלפי אמימר זה רק זכר, תקנה חדשה ולא צריך להקפיד כמו שהיה זמן המקדש.
בדומה לנטילת לולב במדינה כל שבעה שהיא זכר למקדש ולא פוסלים בה דברים שפוסלים בנטילת לולב דאו', אבל שיטת אביי ורב אשי אמנם מודים שזה מדרבנן וכן כתבו תוס' אבל התקנה הייתה כמו שהיה זמן החיוב שהיה במקדש מדאו', לכן צריך גם ימין ושבועות.
הרמב"ם בפרק ז' הל' תו"מ הלכה כ"ב-כ"ד כתב מצוות עשה לספור שבע שבתות תמימות מיום הבאת העומר ומצווה למנות הימים והשבועות שנא' "תספרו חמישים יום" ומונין מתחילת היום מליל ששה עשר בניסן, ומצווה זו מוטלת על כל איש ישראל בכל מקום ובכל זמן.
הרי שלשיטתו מצווה זו ספירת העומר נוהגת מן התורה גם בזמן הזה.
וביאר הר"ן שהרמב"ם סובר כמו רבינא ורב אשי שיש לספור גם ימים וגם שבועות
לדעת תוס' והר"ן שספירת העומר זה רק מדרבנן, בפשטות זה בגלל שעצם המצווה תלויה בהבאת העומר ואם אין הבאת עומר, המצווה לא חלה ובזמן הזה אין דין ספירה.
ועיין במנחת חינוך מצווה ש"ו שגם סובר שזה מדרבנן.
ואפי' לדברי החינוך שכתב שגדר המצווה הוא להראות בנפשנו החפץ והרצון לקבל את התורה, אין המצווה נוהגת מן התורה אלא בזמן שהעומר קרב.
לכאו' לפי הרמב"ם אין חובת הספירה תלויה בהבאת העומר והעניין הוא הכנה למתן תורה ועם כל זה התורה קשרה את זה ליום הבאת העומר, זה סימן שזה היום שמתחילים לספור, וקרבן העומר זה שעורים מאכל בהמה וסופרים למתן תורה שבשבועות יש קרבן חיטים שזה מאכל אדם.
שאלה א למה הרמב"ם כתב את הלכות ספירת העומר בהל' תו"מ, משמע שזה כן קשור להקרבת העומר.
שאלה ב מדוע בכלל זה נקרא מצוות ספירת העומר, הא אין הספירה תלויה בעומר כלל, והתורה כתבה את זה בתור סימן.
שאלה ג בגמ' מנחות ס"ו כתוב שיכול לקצור את העומר ויביא ומתי שירצה יספור…. תלמוד לומר "מהחל חרמש בקמה מתחיל לספור" שזה לאחר קצירה, ועיין רמב"ם בספר המצוות מצווה קס"א 'צוונו לספור מקצירת העומר תשעה וארבעים יום שתחילת הספירה היא דווקא לאחר הספירה' משמע שדין תורה שהספירה תלויה בקצירה.
ותירץ הגר"ח בסטנציל סי' שמ"ג ובהגדה של פסח 'מבית לוי' עמוד רל"ה שסברת הרמב"ם לא רק בגלל מתן תורה אלא שזה לא תלוי בקיום המצווה של הבאת העומר בפועל כי אם בעצם דין של הבאת העומר, אמנם היום אין הבאת העומר אבל גם בזמן שבית המקדש היה קים אם היה אונס שלא יכלו להקריב את העומר, היו חייבין בספירת העומר, לכן גם היום שא"א להקריב את העומר, חייבים בספירה.
ועיין שיטת הרמב"ם פרק ו' מהל' בית הבחירה הלכה י"ד-ט"ו שפסק שקדושת המקדש לא בטילה בחורבן הבית, ומעיקר הדין היו מקריבים קורבנות אע"פ שאין שם בית בנוי אלא שלמעשה אין אנו יכולים לעשות זאת כי לא ידוע לנו מקום ההקרבה, אין לנו כהנים מיוחסים ולא בגדי כהונה א"כ דין הבאת העומר לא בטל, ולא בטלה מצוות הספירה מן התורה.
מי שחולק על הרמב"ם סובר כמו הראב"ד על אותו רמב"ם בהל' בית הבחירה שאפי' לר' יוסי שסובר קדושת א"י שנייה קידשה לעתיד לבוא, זה רק למעשרות ולא לירושלים, וממילא גם ספירת העומר לא נוהגת מן התורה.
לפי"ז מתורץ מדוע נקראת מצווה זו בשם ספירת העומר וכמו"כ מדוע כתב הרמב"ם הלכה זו בתוך הקרבת העומר, ומה שכתוב בגמ' במנחות שאין זמן הספירה תלוי אלא בזמן הקצירה, הכוונה כשהיו קורים בפועל, היו סופרים רק לאחר הקצירה.
ועין ביאור הלכה בסי' תפ"ט שהביא רשימה שלימה של ראשונים שסוברים כמו הרמב"ם.
ובאמת אם נראה את לשון הפס' באמור פרק כ"ג פס' ט"ו "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה"… ובפס' ט"ז "עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום והקרבתם מנחה חדשה לה'"
ובאמת הרמב"ם פרק ז מהל' תו"מ הלכה כ"ב חילק בלשונו שכתב מצוות עשה לספור שבע שבתות תמימות מיום הבאת העומר שנא' "וספרתם לכם ממחרת השבת שבע שבתות" ומצווה למנות הימים והשבועות שנא' "תספרו חמישים יום"'..
היה משמע גם בפסוקים וגם ברמב"ם שיש פה שתי מצוות, עיקר מצוות הספירה זה לא תלוי בעומר, ממחרת השבת.., ונוהגת בזמן הזה, ומלבד זה יש עוד דין "מיום הביאכם" שבזמן שבית המקדש היה קיים, התחלת הספירה הייתה רק לאחר הקצירה.